Beekvliet heeft een rijke geschiedenis die meer dan 200 jaar teruggaat. Op 29 januari 1798 werd een grootseminarie opgericht om priesters op te leiden voor het bisdom Den Bosch. De eerste lessen begonnen in Den Bosch, maar later verhuisde de school naar kasteel Beekvliet in Sint-Michielsgestel. Op 14 november 1817 kwamen de eerste leerlingen daar aan. In de 19e eeuw groeide het seminarie snel. Er kwamen nieuwe gebouwen, een kapel, een Engelse tuin en zelfs een boerderij. In 1901 mochten de leerlingen voor het eerst voetballen, en in 1905 werd het oude kasteel vervangen door het prachtige nog bestaande hoofdgebouw met torentje, gelegen in de buurt van het huidige gebouw. Tijdens de Tweede Wereldoorlog veranderde Beekvliet in een gijzelaarskamp van de Duitse bezetters. Veel bekende Nederlanders werden er gevangen gehouden. Na de oorlog, in 1945, keerde de school weer terug naar normaal onderwijs.
In de jaren daarna ontwikkelde Beekvliet zich tot een modern gymnasium. Er kwamen meer vakken, zoals Engels, Duits en Frans. In 1955 werd Beekvliet officieel erkend als gymnasium. Het aantal leerlingen groeide snel, maar het internaаt, waar leerlingen niet alleen les kregen maar ook woonden, verdween in de jaren zestig. Lange tijd was Beekvliet een school waar alleen jongens naar toe mochten. Vanaf 1965 konden ook meisjes hier terecht. In 1972 werd het kleinseminarie gesloten, en de school ging verder als gewoon gymnasium. In 1978 verhuisde Beekvliet naar het huidige gebouw aan de overkant van de straat.
Sindsdien blijft de school vernieuwen. Er kwamen buitenlandse reizen, internationale projecten en nieuwe gebouwen. In 2011 opende het Bèta-paviljoen, met moderne lokalen voor natuur- en bètavakken. In 2015 vierde de school haar 200-jarig bestaan met muziek, vieringen en speciale activiteiten. In 2023 was er een grote renovatie door MVRDV (onder andere architect Winy Maas) en Van Boven Architecten (onder andere architect Theobert van Boven), twee oud-leerlingen van de school. De transformatie omvatte een facelift, verduurzaming, meer ruimte, nieuwe muziekstudio's en een nieuwe aula.
Vandaag is Beekvliet een levendige school met volop aandacht voor onderwijs, cultuur, wetenschap en internationale samenwerking. We combineren een rijke geschiedenis met een moderne visie en helpen onze leerlingen uit te groeien tot kritische, creatieve en wereldbewuste mensen. In meer dan twee eeuwen heeft Beekvliet een sterke reputatie opgebouwd, en die wordt keer op keer bevestigd. Zo werd de school in 2013 door Elsevier uitgeroepen tot één van de beste elf vwo-scholen van Nederland en kreeg Beekvliet meerdere jaren het predicaat ‘Excellente School’.